وكان محمد المهدي بارعا في علوم كثيرة؛ كالعربية والفقه والتفسير والحديث والتاريخ، شهد له بذلك العديد من العلماء، مع الثناء عليه في علمه ودينه وفضله، ففيه قال محمد بن الطيب القادري في نشر المثاني: «كان من الأعلام الأكابر، والفضلاء المشاهير، رئيسا في الضبط والإتقان، مجددا لتدريس العلم والتأليف في ذلك الزمان»، وقال محمد بن جعفر الكتاني في سلوة الأنفاس: «الشيخ الإمام، الحافظ الحجة الأكبر، اللاَّفِظ المشارك، العلامة المحقِّق، الصوفي المدقِّق، ذو التآليف والمجالس المفيدة»، وقال محمد بن محمد مخلوف في شجرة النور الزكية: «العالم النحرير، الفقيه العمدة الشهير، المحدث البركة الخبير»